政知君注意到，而在基础研究到药物研发的转化过程中，刘明耀也完成了自己第二次“创业”转型，成为上海邦耀生物、祥耀生物、宇耀生物三家创新生物医药公司的创始人。此外，他仍身兼华东师范大学生命医学研究所所长、上海市调控生物学重点实验室主任等职，是国家首批特聘专家、讲席教授，国家重点研发计划首席科学家。在探索生命医学科研及产业的过程中，他获得了国家科学技术进步一等奖、上海市科技进步一等奖、上海市白玉兰纪念奖、华东师范大学首届杰出学术贡献奖等一系列荣誉奖项的肯定。
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